Главное отличие- у круглых червей появилась первичная полость тела, у плоских ее нет. 
Другое- у круглых червей сквозной кишечник-с анальным отверстием, у плоских он замкнутый, отверстие только ротовое. 
Третье, круглые черви раздельнополы, а плоские-гермафродиты 
Четвертое- у круглых червей в кожно-мускульном мешке только продольные мышцы, и они не могут укорачивать тело, а у плоских есть еще поперечные и кольцевые мышцы. Есть и другое, но главное это.