Полезные ископаемые. К кайнозойским отложениям приурочено около 25 всех известных запасов нефти и газа, месторождениякоторых сосредоточены преимущественно в краевых прогибах и межгорных впадинах, обрамляющих альпийские складчатыесооружения. В CCCP к ним относятся месторождения Предкарпатской нефтегазоносной области, Северо-Кавказско-Мангышлакской нефтегазоносной провинции, Южно-Каспийской нефтегазоносной провинции, Ферганской нефтегазоносной области. Значительные запасы нефти и газа сосредоточены в нефтегазоносных бассейнах: Великобритании (Северного моря нефтегазоносная область),Ирака (месторождение Киркук), Ирана (Гечсаран, Марун, Ахваз и др.), США (Калифорнийские нефтегазоносные бассейны),Венесуэлы (Маракайбский нефтегазоносный бассейн), Египта и Ливии (Сахарско-Ливийский нефтегазоносный бассейн), юго-восточной Азии. 

С отложениями кайнозойской эры связано около 15 запасов углей (главным образом бурых). Значительные запасы бурых углей кайнозойской эры сосредоточены в Европе (CCCP — Закарпатье, Прикарпатье, Приднестровье, Днепровский угольный бассейн;ГДР, ФРГ, Румыния, Болгария, Италия, Испания), в Азии (CCCP — Южный Урал, Кавказ, Ленский угольный бассейн, остров Сахалин, Камчатка и др.; Турция — Анатолийский буроугольный бассейн; Афганистан, Индия, Непал, страны Индокитайского полуострова, Китай, Корея, Япония, Индонезия), Северной Америке (Канада — бассейны Альберта и Саскачеван; США — Грин-Ривер, Миссисипский, Техасский), в Южной Америке (Колумбия — бассейны Антьокия и др.; Боливия, Аргентина, Бразилия — бассейны Алта-Амазонас). В Австралии (штат Виктория) угленосный палеоген характеризуется уникальным для всего земного шара угленакоплением — общая мощность сближенных пластов 100-165 м, а при их слиянии 310-340 м (бассейн Латроб-Валли). 

Осадочные толщи кайнозоя содержат также крупные залежи оолитовых железных руд (Керченский железорудный бассейн),марганцевых руд (Чиатурское месторождение, Никопольский марганцеворудный бассейн), каменных и калийных солей в CCCP (Прикарпатский калиеносный бассейн), Италии (Сицилия), Франции (Эльзас), Румынии, Иране, Израиле, Иордании и других странах. С кайнозойскими толщами связаны крупные запасы бокситов (Средиземноморская бокситоносная провинция),фосфоритов (Аравийско-Африканская фосфоритоносная провинция), диатомитов, разнообразных нерудных строительных материалов.