Начнем с того, что ПРОКАРИОТЫ(доядерные) И ЭУКАРИОТЫ(ядерные)- это надцарства, или домены. По названиям ядерные и доядерные можно догадаться, что эукариты имеют ядро, а прокариоты -нет! (почему ДОядерные, а не, например, НЕядерные: прокариоты появились задолго ДО эукариот!)
Итак, отличия(и сходства):
1) у Прокариот НЕТ ядра, кольцевая молекула ДНК находится в цитоплазме. у эукариот есть ядро( имеет оболочку, содержит ядрышки), молекула ДНК- линейная, организована в хромосомы.
2) прокариоты в неблагоприятных условиях образую споры( защита от этих самых условий)
3)У прокариот нет мембранных органоидов( лизосом, апп. Гольджи, митохондрий, пластид и т.д.) но есть РИБОСОМЫ. У эукариот это всё есть, в том числе и рибосомы.
4) размеры прокариот очень маленькие, у эукариот, соответственно больше.
5)у прокариот нет цитоскелета, пищеварительных вакуолей, у эукариот-есть. 
6) у прокариот нет митоза и мейоза, у эукариот есть.
7) у прокариот есть клеточная стенка. у эукариот: у животных-нет, у растений и грибов-есть.
8) у прокариот есть мезосомы (многочисленные впячивания внутрь клетки)
Конечно, некратко, но во всяком случае -отметила все самое главное. Степень важности снижается к 8 пункту. Но начальные пункты самые важные(главные).