Отличие в том, что организмы получают разные питательные вещества от симбиоза.
Клубеньковые бактерии получают от бобового  растения нужные ему органические вещества и минеральные соли, а взамен предоставляют ему азотистые вещества, синтезированные ими из атмосферного азота.
 Гриб получает от водоросли в основном углеводы, снабжая ее водой и минеральными веществами