Бактерии играют важную роль в круговороте веществ в природе. Бактерии гниения разлагают органические остатки до минеральных веществ, которые могут использовать растения. Бактерии, живущие в почве, обеспечивают его плодородие.
Цианобактерии и бактерии почвы усваивают азот воздуха и обогащают им почву (клубеньковые бактерии, азотобактер). Образование нефти и природного газа происходило при участии бактерий. Бактерии используются в пищевой промышленности — при скисании молока, изготовлении йогуртов, сыров. С определенных групп микроорганизмов получают антибиотики, витамины и т.д.. Без бактерий невозможно изготовить волокна из льна, силос из зеленых кормов. При очистке сточных вод применяют бактерии.

Но бактерии могут нанести большой вред человеку и другим организмам, вызывая болезни (ангина, дифтерия, тиф, туберкулез и многие другие). Бактерии могут портить продукты питания, выделяя при этом ядовитые вещества, и вызвать заболевание, например, ботулизм у человека.