Я думаю, это выражение понимается под тем смыслом, что люди сначала думают о чем-либо, например о войне, и сначала это все происходит в уме. Ведь перед тем как начать войну, нужно хорошо обдумать действия, и ходы 
Или в голове у каких-то людей зарождается враждебность друг к другу, потом это все воплощается в реальность, и между ними начинается их личная война.