Сама инфузория туфелька вред не несёт. А вот, например, ихтиофтирус паразитирует на рыбах, что ведёт их к скорой гибели.
Инфузория туфелька служит кормом для других организмов, участвует в очистке воды и поедает патогенные микроорганизмы.