Рыбы ( как ни странно) дышат кислородом, растворенным в воде.
 в кипяченной воде  растворенного кислорода нет. 
 поэтому и надо дать кипяченной воде отстояться, чтоб она успела "нахватать" кислород из воздуха. в противном случае рыбы в этой воде просто погибнут от "удушья"