Слово с течением времени могут менять свой род.Этот факт указывает на принадлежность слова "Тень" в более ранее время.Известно,что только суффиксы в мужском роде в уменьшительно-ласкательной форме -ек- .Слово тень в уменьшительно ласкательной форме будет "Тенёк" (Он мой) вот поэтому слово тень мужского рода.